Yuudai hat schon einige Beziehungen hinter sich, doch sie haben nie lange gehalten. Er weiß auch, dass es daran liegt, dass er nie fähig ist, auszusprechen, welche Gefühle er für seine Freundin hegt. Selbst wenn er sie liebt, bringt er die Worte nicht über die Lippen. Stattdessen schweigt er und mit jeder beendeten Beziehung bricht sein Herz ein Stück mehr. Mit der jungen Chizuru soll es nun anders werden. Um ihr zu beweisen, wie sehr er sie mag, kauft er ihr ein Geschenk. Allerdings wird diesen Tag lang nichts so laufen, wie er es geplant hatte.

Auch Chizuru hat schon viele enttäuschende Beziehungen hinter sich. Es ist, als würde sie für die Männer nicht zählen, da diese zwar gerne mit ihr zusammen sind, aber ihre tiefen Gefühle niemals erwidern. Deswegen hat sie schon mehrmals den Jungen verlassen, weil es doch keinen Sinn mehr hatte. Genau so ein Fall ist auch Yuudai. Es wirkt zwar so, als wäre er gerne mit ihr zusammen, doch ausgesprochen hat er noch nie, was sie ihm bedeutet. Chizuru beschließt, dieses Mal selbst den ersten Schritt zu tun und ihm den Abschied mit einem Geschenk zu versüßen. Doch der Tag verläuft anders als geplant.

"Tokyo Marble Chocolate" besteht aus zwei Episoden, die zusammengenommen eine komplette Geschichte erzählen. Einmal werden die Erlebnisse aus dem Blickwinkel des Jungen betrachtet und das andere Mal aus dem des Mädchens. So klären sich auch auf den zweiten Blick einige Missverständnisse zwischen den beiden auf und allein der Zuschauer weiß, wie sie wirklich zueinander stehen. Mit einfachen schlichten Linien gezeichnet, bewegen sich die beiden Hauptfiguren durch ein pastellfarbenes Tokio, das lediglich den Hintergrund für ihre Geschichte bildet. Sie könnte ebenso komplett woanders stattfinden.

Statt romantisch verklärt und schwülstig, wird diese Liebesgeschichte mit kleinen Szenen, Blicken und Missverständnissen erzählt. Nie wird dem Zuschauer alles berichtet, die komplette Geschichte muss er schon aus den Gesten der gezeichneten Figuren ablesen. Dadurch wird "Tokyo Marble Chocolate" zu einer zartsüßen Geschichte um Liebe und die Tatsache, dass man sich meist selbst im Weg steht. Wer die beiden Episoden nicht einzeln sehen möchte, der bekommt mit der zweiten DVD eine zusammengeschnittene Version geliefert, die allerdings lediglich deutschen Untertitel besitzt.

Es ist eine ganz besonders schöne Liebesgeschichte, die jedoch für den Käufer durch den hohen Preis einen Wermutstropfen bekommt.