Hatten die X-Men bisher vor allem gegen andere Mutanten und die Vorurteile der Mensche zu kämpfen, müssen sie sich diesmal einem viel größeren Feind stellen. Dabei beginnt alles relativ harmlos: Wolverines frühere Geliebte Yuriko möchte ein Raumschiff öffnen. Aber nur Wolverines Krallen sind stark genug, um die Hülle zu durchbrechen. So lockt sie Wolverine in die Kanalisation. Dort übernimmt ihr Hass schnell die Kontrolle und Wolverine muss sich einem Kampf auf Leben und Tod stellen – bei dem das Schiff geöffnet wird und seine furchtbare Fracht offenbart.
Doch auch als diese Gefahr gebannt ist, können sich die X-Men keine Ruhe gönnen. Seit Yuriko das erste Mal versuchte, das fremde Raumschiff zu öffnen, hat Charles Xavier seltsame Visionen und Träume. So schickt der Mentor der X-Men sein Team zur Raumstation Eagle One. Er weiß zwar nicht, was dort geschehen wird, aber das Ereignis wird von immenser Bedeutung sein. Lange müssen die X-Men auch nicht im Dunkeln tappen: Die Station wurde bereits von einem Repräsentanten des Shi’ar Imperiums eingenommen um ein Raumschiff aufzuhalten, das eine Rebellin transportiert. Die X-Men können zwar verhindern, dass das Raumschiff angegriffen wird, aber die Raumstation wird bei ihrem Kampf zerstört. Da auch ihr Shuttle beschädigt wurde, opfert sich Jean Grey, um ihre Freunde sicher nach Hause zu bringen. Dabei wird sie von dem mysteriösen Phönix gerettet, der Jean kurzzeitig unglaubliche Kräfte verleihen kann. Zudem hat der Phönix Verbindungen zum Shi’ar Reich. Aber bis die X-Men dieses Rätsel lösen können, müssen sie noch eine Menge Kämpfe gewinnen.

Waren die früheren Staffeln der X-Men schon recht zusammenhängend und griffen bestimmte Ereignisse immer wieder auf, die liefert die erste Hälfte der dritten Staffel eigentlich eine einzige große, zusammenhängende Geschichte. Die erste Doppelfolge ist dabei als eine Art Prolog zu betrachten, bevor die Serie eines der großen Events im X-Men Universum aufgreift: Die Phönix-Saga. Hier steigert sich die Bedrohung langsam, bis schließlich das ganze Schicksal der Galaxie in Jean Greys Händen liegt.
Die Spannungskurve braucht allerdings etwas, um mit den Ereignissen mitziehen zu können. Die ersten beide Folgen sind etwas langatmig geworden und auch die Phönix-Saga hat ihre Längen, wird zu Ende hin aber doch richtig spannend. Allerdings leidet unter der Ernsthaftigkeit des Stoffes etwas der trockene Humor der X-Men, was zu den erwähnten Längen auch beiträgt. Die Handlung um die immer wieder zusammenbrechende Jean wirkt etwas zu dramatisch zugespitzt – zudem wird dieses Element so sehr eingesetzt, dass man am Ende einfach kein Mitleid für Jean in lebensbedrohlichen Situationen mehr empfindet. Sie verkommt im Laufe der Folgen zu einem Plotelement, das ständig als ein Deus ex Machina eingesetzt wird.
Auch das Fehlen von Rogue in den ersten Episoden irritiert eher. Überhaupt kommt es in diesem ersten sieben Episoden ständig vor, dass irgendwelche X-Men gar nicht oder nur sehr kurz eingesetzte werden. Fast scheint es, als würde es den Autoren nicht mehr gelingen, gute Geschichten für das gesamte Team zu entwickeln.

Bild- und Tonqualität entsprechen immer noch dem Standart einer Zeichentrickserie zu Beginn der 90er Jahre. Will heißen, dass man stolz mit Stereo im Vorspann einer jeden Folge wirbt und die Qualität der Zeichnungen zumindest einheitlich ist – wenn eben auch inzwischen etwas angestaubt und wirklich nicht überragend.
Extras gibt es wie immer keine, ebenso keine Untertitel in Englisch oder Deutsch. Lediglich ein Booklet mit Episodenbeschreibungen im Comicstil wurde der DVD beigelegt. Allerdings verraten die Beschreibungen schon einiges vom Inhalt und versprechen zudem eine Zusammenarbeit mit Spider-Man für die letzte Folge, die sich eher als eine kurze Sichtung von der Sorte „blinzle und du hast es verpasst“ herausstellt.

Die dritte Staffel der X-Men beginnt etwas ruhiger und braucht ihre Zeit, um ihr Potential zu entwickeln. Zum Schluss ist man aber doch neugierig und möchte wissen, wie es weitergeht – zumal das Cover der DVD den noch nicht aufgetretenen Dark Phönix ankündigt.