Conan ist entsetzt. Professor Agasa hat ihn in der Grundschule angemeldet, wo er doch eigentlich schon 16 Jahre alt ist. Wenn nur das Gift nicht gewesen wäre! Das hat ihn, den Meisterdetektiv Shinichi, schrumpfen lassen und jetzt steckt er im Körper eines Sechsjährigen.
Doch nach dem ersten Schultag trifft er vor der Schule Kogoro Mori. Bei dieser Detektiv-Niete wohnt er leider. Mori hat einen Auftrag: Für sehr viel Geld beschattet er drei Tage lang Herrn Negishi. Am nächsten Tag ist der Mann tot - aufgefunden in den heruntergebrannten Resten des Feuers eines Dorffestes.
Die Versicherung muss dem Freund des Toten, Herrn Abe, 500 Millionen Yen zahlen. Die beiden hatten sich für diese Summe gegenseitig versichert. Herr Abe aber hat ein wasserdichtes Alibi. Nur Conan entdeckt, wie Herr Abe die Polizei und Kogoro Mori getäuscht hat.
Im zweiten Fall soll Mori für eine junge Frau ihren Vater finden. Das gelingt ihm auch (mit Conans Hilfe). Doch leider wird der Mann einen Tag später ermordet, die Tochter ist verschwunden. Mori glaubt, dass sie ermordet wurde, Conan hat einen ganz anderen Verdacht.
Den dritten Fall löst Conan zusammen mit seinen Freunden aus der Grundschule. Sie wollen beweisen, wie mutig sie sind, und gehen nachts in ein altes Haus, in dem es spuken soll. Es ist verlassen, seit vor fünf Jahren der Hausbesitzer ermordet wurde.
Doch Conan gelingt es in dieser Nacht, den Mord aufzuklären und den Täter der Polizei zu übergeben.

Der Clou dieses Mangas sind die verschiedenen Ebenen der Ermittlungen. Neben der offiziellen Ermittlung durch Polizei und Kogoro Mori sind es Conan und sein wahres geistiges Ich Shinichi, die unerkannt von den anderen mit den komplexen Kriminalfällen konfrontiert werden. Die Polizei spielt den Part des Faktensammlers, Mori den Part des Trottels, der grundsätzlich die Falschen verdächtigt, und Conan/Shinichi und seine Freunde diejenigen, die durch scharfe Beobachtung und Würdigung der Fakten die Täter überführen.
Interessant ist der Manga durch dieses Vexierspiel der Ermittlungsebenen und durch die exotischen, teils sehr abstrusen Kriminalfälle. Die handelnden Personen entstammen zudem einem anderen Kulturkreis. Dies macht ihre Verhaltensweisen und Moralvorstellungen noch schwerer zu durchschauen und das Mitdenken und Lösen der Fälle noch schwieriger.

Der Band zwei wirkt schon deutlich homogener als Band eins, führt aber immer noch zu viele Personen oder Details der Rahmenhandlung in das Geschehen ein, zum Beispiel die Kinder-Detektive der Grundschule, den ermittelnden Polizeikommissar und die technischen Spielereien, die Agasa für Conan erfindet, um ihm trotz seiner Statur und geringen Körperkraft eine Chance bei den Ermittlungen zu geben.

Als Anhang gibt es in diesem Band einen "Bonus-Manga", der nicht mal einen Stern verdient hat, und das Detektiv-Lexikon Teil zwei. Hier wird Japans bekanntester Detektiv vorgestellt: Kogoro Akechi, erdacht von Ranpo Edogawa.