Schon sein Großvater träumte von der Entdeckung des sagenumwobenen Atlantis, und dieser Traum lebt nun in dem jungen Milo Thatch weiter. Aber das Museum, in dem er arbeitet, will ihm die nötigen Mittel für eine Expedition nicht zur Verfügung stellen.
Als er Preston B. Whitmore, einen alten Freund seines verstorbenen Großvaters, kennen lernt, überreicht dieser ihm ein kostbares Buch, das Milo direkt nach Atlantis führen kann und das zuvor seinem Großvater gehörte. Aber Whitmore zeigt sich noch viel großzügiger: Er organisiert auch eine komplette Crew und ein Unterseeboot für Milos großen Traum, nämlich die Suche nach Atlantis.
Die Mannschaft und Milo machen sich auf den Weg. Seine Begleiter sind Experten auf ihren Gebieten: Da gibt es die schlagfertige Mechanikerin Anna, den verrückten Geologen Boudelaire oder den Sprengstoffexperten Vinny. Expeditionsführer Rourke derweil scheint seine ganz eigenen Pläne zu verfolgen.
Nach einer abenteuerlichen Reise am Grund des Meeres und aufregenden Gefahren finden Milo und die Crew tatsächlich das versunkene Atlantis und treffen auf seine Bewohner, unter anderem die kluge Prinzessin Kida. Eine spannende Erkundung des vergessenen Reiches beginnt. Milo ist überglücklich und möchte die uralte Kultur von Atlantis erforschen und verstehen lernen. Aber Rourke will sich nur die geheimnisvolle Energiequelle von Atlantis unter den Nagel reißen. Milo und Kida setzen alles daran, das zu verhindern.

Erstaunlich actionreich und kurzweilig präsentiert sich das vierzigste Meisterwerk aus dem Hause Disney. Die Story ist recht einfach gestrickt und bietet keine überraschenden Wendungen oder interessante Facetten. Eher seicht verläuft die Handlung einem Finale entgegen, das vorhersehbar ist und die Kinder nicht wirklich fordert, mitzudenken. Immerhin ist sie gut verpackt und rasant. Die Bilder sind imposant und voller herrlicher Farben, die zu begeistern wissen. Zwischen den aufregenden Sequenzen hält der Film öfters ruhigere Szenen bereit, die optisch zwar sehr ansprechend sind, aber weder die Charaktere noch die Handlung vorantreiben.

Der Film kommt ohne Gesang aus, was selten bei einem Disney, hier aber auch passend ist. Die Lieder hätten der Handlung vermutlich zu viel Gefühl eingehaucht, die bei der aufregenden Inszenierung fehl am Platz gewesen wäre. Die Musikuntermalung derweil kann überzeugen und bringt Spannung und Action noch besser zum Ausdruck.

Eine große Stärke der Disney-Filme, nämlich eine liebevolle und individuelle Charakterzeichnung, ist auch in "Atlantis" zu finden, allerdings längst nicht so umfassend und detailverliebt wie in anderen Meisterwerken. Die Nebenfiguren kommen trotz ihrer witzigen Eigenheiten nicht so richtig zum Zuge, Milo als Protagonist wirkt blass und wenig reizvoll. Für die Kleinen mag "Atlantis - das Geheimnis der verlorenen Stadt" ein spannendes Actionabenteuer mit schnell abgehandelten einzelnen Szenarien sein, das aber auch rasch wieder in Vergessenheit gerät, denn die Magie eines Disney-Meisterwerks ist trotz aller positiven Aspekte nicht zu finden.

Für die Rezension lag die VHS-Version vor, der Film ist aber auch auf DVD mit verschiedenen Extras erhältlich.